বাংলাদেশ রেলওয়ের অর্থ ও হিসাব বিভাগ পরিচালনার দায়িত্ব অতিরিক্ত মহাপরিচালক/অর্থ কার্যালয়ের উপর ন্যাস্ত রয়েছে। আর্থিক বিষয়াদির উপর পরীক্ষা-নিরীক্ষা, ক্ষেত্র বিশেষে নির্বাহী দপ্তরসমূহকে আর্থিক বিষয়ে সম্মতি ও পরামর্শ প্রদান, সমগ্র বাংলাদেশ রেলওয়ের অনুন্নয়ন বাজেট প্রণয়ন, বন্টন ও মনিটর করা এবং বিভিন্ন প্রকার হিসাব সংকলনের দায়িত্ব এ দপ্তরের অধীনে ন্যাস্ত। রাজস্ব ও প্রকল্প খাতের আয়-ব্যয়ের হিসাব প্রণয়ন ও আর্থিক বিষয়াদি নিরীক্ষার ক্ষেত্রে এ দপ্তরকে সহায়তা করার জন্য পূর্ব ও পশ্চিম জোনে অর্থ উপদেষ্টা ও প্রধান হিসাব অধিকর্তাগণের অধীনে রয়েছে ৩ জন অতিরিক্ত প্রধান হিসাব অধিকর্তা, উপ-অর্থ উপদেষ্টা পদ মর্যাদার প্রায় ১৯ টি হিসাব ইউনিট, সহকারি হিসাব অধিকর্তার উপর রয়েছে ম্যানেজার, পে এন্ড ক্যাশ যা রেলওয়ের ট্রেজারীর দায়িত্ব সম্পাদন করে থাকেন। প্রকল্প সংশ্লিষ্ট আর্থিক বিষয়াদি নিষ্পন্ন এবং হিসাব সংকলনের ক্ষেত্রে সহায়তা করার জন্য রয়েছে অর্থ উপদেষ্টা ও প্রধান হিসাব অধিকর্তা/প্রকল্প এর দপ্তর।
অতিরিক্ত মহাপরিচালক/অর্থ-এর কার্যালয় বাংলাদেশ রেলওয়ের মহাপরিচালকের কার্যালয়ের সাথে সম্পৃক্ত ও একটি স্বতন্ত্র সত্তা হিসাবে বাংলাদেশ রেলওয়ের অর্থ ও হিসাব বিভাগের কেন্দ্রবিন্দু হিসাবে কাজ করছে। আর্থিক বিষয়াদি পরীক্ষা-নিরীক্ষা করার ক্ষেত্রে এ কার্যালয় কোন নির্বাহী বিভাগের উপর নির্ভরশীল নন এবং এটি স্বাধীনভাবে আর্থিক বিষয়ে মতামত ও সম্মতি প্রদান করে থাকেন। কার্যাবলী সুষ্ঠুভাবে সম্পাদনের জন্য এখানে মোট ৭টি শাখা রয়েছে, যথাঃ (১) বাজেট শাখা, (২) অর্থ শাখা, (৩) হিসাব ও পরিদর্শন শাখা, (৪) বিধি শাখা, (৫) কস্টিং শাখা, (৬) ইন্টারচেঞ্জ একাউন্টস শাখা, (৭) প্রশাসন শাখা। শাখাসমূহের দায়িত্বে রয়েছেন একজন উপপরিচালক বা সহকারি পরিচালক। তবে শাখা সমূহের কার্যাবলী সুষ্ঠুভাবে পরিচালনার জন্য অতিরিক্ত মহাপরিচালক/অর্থ-এর অধীনে একজন যুগ্ম-মহাপরিচালক/অর্থ এবং একজন পরিচালক/অর্থ রয়েছেন।